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    基礎醫學研究所、臨床醫學研究所、心血管病研究所、腫瘤研究所、整形外科研究所、血液學研究所、皮膚病研究所、實驗動物研究所、藥物研究所、醫藥生物技術研究所、醫學信息研究所、微循環研究所、放射醫學研究所、生物醫學工程研究所、輸血研究所、醫學生物學研究所、藥用植物研究所(設有海南分所、云南分所)、病原生物學研究所。


    北京協和醫院、阜外心血管病醫院、腫瘤醫院、整形外科醫院、血液病醫院(天津)、皮膚病醫院(南京)。
    北京協和醫院以其專家優勢、技術優勢、資源優勢被國家衛生部指定為“全國疑難病癥技術指導中心”之一;阜外心血管病醫院是國內最大的三級甲等心血管病專科醫院;腫瘤醫院是國內最大的腫瘤專科醫院,是世界衛生組織癌癥研究合作中心之一;整形外科醫院是國內規模最大、技術力量最強的整形外科三級甲等專科醫院;位于天津的血液病醫院是我國唯一的臨床與基礎研究相結合的國家級血液學專業臨床與科研機構;位于南京的皮膚病醫院是目前全國最大、技術最先進的從事皮膚病研究的專科醫院。北京協和醫院的綜合實力和各個專科醫院的技術力量奠定了協和醫學院的臨床醫療水平在中國現代醫療技術領域中的代表地位,為學生在臨床實踐中提高基本技能、基本操作創造了良好的條件。


    臨床醫學院、基礎醫學院、護理學院、繼續教育學院、公共衛生學院、人文社科學院。




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